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TMAP short read aligner のインストールログ

参照
https://github.com/iontorrent/TMAP#readme(external link)

インストール手順:
1. autoconf-2.68のインストール
$ cd /work_path/
$ wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/autoconf/autoconf-2.68.tar.gz
$ tar xzvf autoconf-2.68.tar.gz 
$ cd autoconf-2.68
$ ./configure --prefix=/tool_path/autoconf-2.68
$ make
$ make install


※上のように、インストールしましたが、使う前、PATHに「/tool_path/autoconf-2.68/bin/」の追加を必要がある

2.TMAPのインストール
(1)ソースPackageのDL。
git ツールより、ソースをDLして、サーバにコピー。gitのやり方は、以下のように
git clone git://github.com/iontorrent/TMAP.git(external link)
cd TMAP
git submodule init
git submodule update
  ※ソースをDLして、 「/work_path/TMAP/TMAP」に、置く

(2)インストール
$ export PATH=/tool_path/autoconf-2.68/bin/:$PATH
$ cd /work_path/TMAP/TMAP
$ sh autogen.sh
$ ./configure --prefix=/tool_path/tmap-3.4.1
$ make
$ make install


上のように、「/tool_path/tmap-3.4.1」にインストールしました。

実行ファイルは「/tool_path/tmap-3.4.1/bin/tmap」である。

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