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TopHat Fusion

出力1 (レポート)

出力2 (情報ファイルfusion.out)

    • tophatコマンドの実行時に、"--fusion-search"オプションを付加すると、gene fusionの探索が行われ、以下のfusion.outファイルが生成されます。この書式の説明はTopHat-Fusion(Manual)(external link)にありますが、表記します。
    • #説明
      1-1左側(1箇所目)染色体名-右側(2箇所目)染色体名chr1-chr3
      1-21箇所目の座標36767153
      1-32箇所目の座標31497026
      1-4向き。F:forward, r:reverserr
      1-5このfusionをまたぐリード数13
      1-6このfusionを支持するmateペア数31
      1-7ペアの片方がfusionを支持し、もう片方がfusionをまたぐペア数。9
      1-8ペアのどちらか一方がこのfusionと矛盾する箇所にマップされる数。0
      1-9Fusionをまたぐリードの左側の塩基数37
      1-10Fusionをまたぐリードの右側の塩基数36
      1-11説明記述なし1.349113
      2-1このバージョンでは利用しない11
      2-2このバージョンでは利用しない18
      2-3このバージョンでは利用しない27
      2-4このバージョンでは利用しない35
      2-5このバージョンでは利用しない41
      3-1Fusionを中心とした50塩基の左側contig配列。TTCCCAGAGT...
      4-1Fusionを中心とした50塩基の右側contig配列。TTCCCAGAGT...
      5-1Fusionを中心とした、Fusionをまたぐリードの左側カバレージ(深さ=depth)13 13 13 13 13 ...
      6-1Fusionを中心とした、Fusionをまたぐリードの右側カバレージ(深さ=depth)13 13 13 13 13 ...
      7-1Fusionを支持するMateペアのFusionを中心とした左側距離と、右側距離を”:”区切りで表したもの。116:-153 132:-155 -596:189 -643:189...
      • fusion.outの出力行は"@"を区切り文字とした情報の群に分割出来ます。上の行の1番目の数値は"@"で区切られる情報群の番号、2番目の数値は群内の要素番号を表します。
    • 出力行の例
      $ head -n 2 /ftp02/hitachi_group/data/DS00182535/fusion
      s.out
      chr1-chr1       564485  564523  rr      20      1171    0       427     36      31      1.955000  @       10 20 37 50 62  @       CGGCTATGAAGAATAGGGCGAAGGGGCCTGCGGCGTATTCGATGTTGAAG CCTGAGACTAGTTCGGACTCCCTTTGACCTTGCTGAAGGTCAAATCTAAT     @       TAGTGGTGAGGGTGTTTATTATAATAATGTTTGTGTATTCGGCTATGAAG AATAGGGCGAAGGGGCCTGCGGCGTATTCGATGTTGAAGCCTGAGACTAG     @       20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 19 19 18 18 16 16 15 12 10 7 6 5 5 5 4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0     @       20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 19 17 16 15 15 15 14 13 10 8 5 4 4 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0        @ 0:-14 -17:4 5:-21 7:-21 26:-39 26:-39 57:31 52:-66 53:-66 78:-91 81:-98 85:-98 136:-48 136:-48 86:-98 136:-48 86:-98 86:-98 136:-48 86:-98 86:-99 86:-101 86:-115 103:-116 98:-126 100:-126 80:-147 107:-121 111:-124 175:-87 220:-132 170:-183 170:-183 170:-185 174:-189 178:-192 159:-215 180:-195 181:-195 181:-195 162:-214 200:-213 200:-215 211:-225 211:-225 212:-225 266:-178 218:-231 222:-235 239:-252 239:-253 312:-224 312:-224 317:-229 268:-283 268:-283 321:-233 449:-361 456:-368 406:-418 456:-368 456:-368 406:-418 406:-418 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 406:-419 457:-369 457:-369 457:-369 407:-419 457:-369 407:-421 407:-421 407:-421 407:-421 407:-421 407:-421 407:-421 407:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 408:-421 459:-371 409:-421 459:-371 408:-422 409:-421 409:-421 409:-421 409:-421 459:-371 409:-421 409:-421 409:-421 459:-371 459:-371 459:-371 459:-371 409:-421 409:-421 409:-421 459:-371 409:-421 459:-371 459:-371 409:-421 459:-371 409:-421 410:-422 546:-558 546:-559 546:-559 546:-559 546:-559 597:-509 548:-560 547:-562 599:-511 599:-511 600:-512 557:-572 558:-572 631:-543 594:-607 614:-629 618:-631 681:-593 631:-644 631:-645 636:-650 667:-681 680:-693 681:-694 688:-702 695:-707 695:-709 715:-728 729:-743 731:-745 748:-760 748:-763 808:-720 761:-773 814:-726 803:-817 899:-811 856:-870 858:-870 890:-903 -1938:6 -1248:-785 1022:-1035 1022:-1035 -1248:-832 -1248:-851 -1248:-854 -1248:-857 -1248:-861 -1248:-870 -1248:-870 -1248:-871 -1248:-875 -1248:-881 -1248:-882 -1248:-891 -1248:-892 -1248:-894 -1248:-900
      chr1-chr1       564495  564525  rf      3       93      2       583     24      36      10.888891 @       9 19 29 44 57   @       TTTGTGTATTCGGCTATGAAGAATAGGGCGAAGGGGCCTGCGGCGTATTC GATGTTGAAGCCTGAGACTAGTTCGGACTCCCTTTGACCTTGCTGAAGGT     @       TAGTCTCAGGCTTCAACATCGAATACGCCGCAGGCCCCTTCGCCCTATTC TTCATAGCCGAATACACAAACATTATTATAATAAACACCCTCACCACTAC     @       3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0         @       3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0       @       16:-5 139:126 137:133 139:140 146:141 147:171 621:591 628:598 617:612 719:691 1154:1156 1390:1364 1967:1937 2135:2105 2335:2320 2297:2395 2366:2336 2373:2361 2340:2399 2429:2467 2480:2477 2453:2520 2777:2747 2790:2760 915:4636 2809:2817 2814:2822 2824:2817 2826:2823 2902:2920 2999:2969 2999:2969 3166:3156 3186:3156 3212:3211 3253:3272 3356:3380 3386:3398 3351:3447 3351:3447 3406:3397 3408:3401 3408:3404 3410:3404 3415:3402 3404:3422 3406:3420 3406:3442 3408:3442 3411:3447 3427:3447 3437:3444 3460:3469 3489:3474 3672:3676 3670:3691 3674:3695 3708:3695 3895:3907 3869:3947 3915:3924 3948:3961 3915:4008 3982:3952 3983:3953 3964:3973 3984:3954 3985:3955 3965:4007 4030:4061 4130:4230 4480:4487 4684:4754 4758:4786 4810:4780 4810:4817 4902:4897 4909:4937 4975:5015 5096:5095 5125:5095 5109:5115 5110:5131 5161:5131 5137:5253 5282:5292 5310:5377 5324:5398 5360:5396 5405:5426 5364:5504 5655:5625 5675:5669
      :
      chr1    chr3    36767153        31497026        rr      13      31      9       0       37      36      1.349113        @       11 18 27 35 41  @       TTCCCAGAGTAGTTGCCTCTGCCCCAGCCTCTTCCTCTGGCTCGAAACTG CTATTGCAATAAATGAGGGAAAAAGAACAAAGGATCATGCCAGGAATGGG   @       TTCCCAGAGTAGTTGCCTCTGCCCCAGCCTCTTCCTCTGGCTCAAAATGG AAAGGTTCCTCGAGCTCTGCCACCTCCTCTTTCACTTGGACCCACCAAGA   @       13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 12 12 11 11 11 11 10 10 9 9 9 9 9 8 8 6 5 3 3 3 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0       @       13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 13 12 12 11 10 10 10 8 7 5 5 4 4 4 4 4 3 3 2 2 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0  @       116:-153 132:-155 -596:189 -643:189 2248:-146 2291:-156 2297:-152 2356:-146 2359:-146 2380:-187 2390:-184 2401:-186 3210:-1094 3235:-1095 -7675:665 -7681:665 -7681:747 -8903:739 -8894:752 -8903:752 -8928:753 -8890:799 -8904:786 -8933:786 -8890:831 -8890:831 -8919:817 -8942:810 -8928:828 -8925:834 -8940:819

文献

参考情報



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