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UCSCユーティリティツールインストールログ

参照:
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/(external link)

インストール手順:

1.gccの確認:
$ gcc -v
Using built-in specs.
Target: x86_64-redhat-linux
コンフィグオプション: ../configure --prefix=/usr --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-libgcj-multifile --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,java,fortran,ada --enable-java-awt=gtk --disable-dssi --enable-plugin --with-java-home=/usr/lib/jvm/java-1.4.2-gcj-1.4.2.0/jre --with-cpu=generic --host=x86_64-redhat-linux
スレッドモデル: posix
gcc バージョン 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-48)

※ 既にインストールしました。そのまま利用する。

2.makeの確認
$ make -v
GNU Make 3.81
Copyright (C) 2006  Free Software Foundation, Inc.
これはフリーソフトウェアです. 利用許諾についてはソースを
ご覧ください.
商業性や特定の目的への適合性の如何に関わらず, 無保証です.

This program built for x86_64-redhat-linux-gnu

※ 既にインストールしました。そのまま利用する。

3.libpngの確認
$ ls /usr/include | grep libpng
libpng12

※ 既にインストールしました。そのまま利用する。

4.libsslの確認
$ ls /usr/include | grep ssl
openssl

※ 既にインストールしました。そのまま利用する。

5.ncurseの確認
$ ls /usr/include | grep ncurse
ncurses
ncurses.h
ncursesw

※ 既にインストールしました。そのまま利用する。


6.MySQL development system and librariesのインストール
$  cd work_path
$  mkdir ucsc
$  cd ucsc
$  wget http://cdn.mysql.com/Downloads/MySQL-5.1/mysql-5.1.72.tar.gz
$  tar xzvf mysql-5.1.72.tar.gz
$  cd mysql-5.1.72
$  export MACHTYPE=x86_64
$ ./configure --prefix=/tool_path/mysql-5.1.17
$  make
$  make install
$  cd ..

※ 上のように、MySQL開発ライブラリーは「/tool_path/mysql-5.1.17」にインストールしました。

7.UCSCユーディーリティツールのインストール
$  cd /work_path/ucsc
$  wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/userApps.src.tgz
$  tar xzvf userApps.src.tgz
$  cd userApps
$  export MACHTYPE=x86_64
$  export MYSQLINC=/tool_path/mysql-5.1.17/include/mysql
$  export MYSQLLIBS="/tool_path/mysql-5.1.17/lib/mysql/libmysqlclient.a -lz"
$  make
$  mkdir -p /tool_path/ucsc/20130917
$  cp bin/* /tool_path/ucsc/20130917/.


※ 上のように、UCSCユーディーリティツール群は、「/tool_path/ucsc/20130917」のしたにインストールしました。
※ 環境の変数PATHに、まだ設定されていません。

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Page last modified on 金曜日 04 of October, 2013 13:09:15 JST.