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defuseのインストールログ

参照:
http://sourceforge.net/apps/mediawiki/defuse/index.php?title=Main_Page(external link)


インストール:
$ cd /work_path
$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/defuse/defuse/0.6/defuse-0.6.1.tar.gz
$  tar tzvf defuse-0.6.1.tar.gz
$  tar xzvf defuse-0.6.1.tar.gz
$  cd defuse-0.6.1
$  export CPLUS_INCLUDE_PATH=/tool_path/boost_1_49/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH
$  cd tools
$  make
$ cp -r /work_path/defuse-0.6.1 /tool_path/.



参照DB(hg19)の作成
設定ファイルの作成
$ cd /tool_path/defuse-0.6.1/scripts
$ vi config.txt

いろいろツールの指定, 


実行
$ create_reference_dataset.pl -c config.txt


config.txtにより、 作ったDBは、「/tool_path/defuse-0.6.1/reference」にある。

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