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eXpressインストールログ

eXpressは、berkeley edu開発されたツールです。 URL(external link)
開発者のWEBより、Linux (64-bit) Binary バッジョがあり、実に使って見って、エラーが出来ました。それで、sourceから、インストールを挑戦する!

1.BamTools Libraryの確認
この前、SGAをインストールする時、 BamToolsというライブラリーは、/tool_path/bamtools-1.0.2にインストールしました。


2.gcc-4.4.7のインストール.
$ cd /work_path/
$ mkdir gcc-4.4.7
$ cd gcc-4.4.7
$ wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/infrastructure/mpfr-2.4.2.tar.bz2
$ wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/infrastructure/gmp-4.3.2.tar.bz2
$ wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/infrastructure/mpc-0.8.1.tar.gz
$ wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.4.7/gcc-4.4.7.tar.bz2
$ tar xjf gcc-4.4.7.tar.bz2
$ tar xjf gmp-4.3.2.tar.bz2
$ tar xjf mpfr-2.4.2.tar.bz2
$ tar xzf mpc-0.8.1.tar.gz
$ mv gmp-4.3.2 gcc-4.4.7/gmp
$ mv mpfr-2.4.2 gcc-4.4.7/mpfr
$ mv mpc-0.8.1 gcc-4.4.7/mpc
$ mkdir gcc-obj
$ cd gcc-obj
$ ../gcc-4.4.7/configure --prefix=/tool_path/gcc-4.4.7 --build=x86_64-redhat-linux --enable-shared --disable-plugin --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,fortran
$ make 
$ make instal


3. Boost C++ Libraryのインストール
$ export PATH=/tool_path/gcc-4.4.7/bin:${PATH}
$ export LD_LIBRARY_PATH=/tool_path/gcc-4.4.7/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
$ export LD_RUN_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}
 
$ cd /work_path
$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/boost/boost/1.49.0/boost_1_49_0.tar.gz
$ tar xzvf boost_1_49_0.tar.gz
$ cd boost_1_49_0
$ ./bootstrap.sh --prefix=/tool_path/boost_1_49
$ ./b2
$ ./b2 install


4.cmakeのインストール
$ cd /work_path
$ wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.8.tar.gz
$ tar xzvf cmake-2.8.8.tar.gz
$ cd cmake-2.8.8
$ ./bootstrap --prefix=/tool_path/cmake-2.8.8
$ make
$ make install

共通PATHに、以下の物を追加
/tool_path/cmake-2.8.8/bin

5.eXpressのcompile(cmake 2.8.8 と gcc 4.4.7を使って)
$ export PATH=/tool_path/gcc-4.4.7/bin:/tool_path/cmake-2.8.8/bin:${PATH}
$ export LD_LIBRARY_PATH=/tool_path/gcc-4.4.7/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
$ export LD_RUN_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}
 
$ cd /work_path
$ wget http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/downloads/express-1.1.0/express-1.1.0-src.tgz
$ tar xzf express-1.1.0-src.tgz
$ cd express-1.1.0-src/src

CMakeLists.txtを 以下のように修正
#######################################################
cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
PROJECT( eXpress )
include_directories(/tool_path/bamtools-1.0.2/include /tool_path/boost_1_49/include)
link_directories(/tool_path/bamtools-1.0.2/lib /tool_path/boost_1_49/lib /tool_path/gcc-4.4.7/lib)

# GLOB_RECURSE will allow you to find everything with extension in subdirs
file(GLOB sources *.cpp)
file(GLOB headers *.h)

add_executable(express ${sources} ${headers})

if(WIN32)
        target_link_libraries(express ${Boost_LIBRARIES} "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/../win_build/zlibd.lib" "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/../bamtools/lib/libbamtools.lib")
else(WIN32)
        target_link_libraries(express ${Boost_LIBRARIES} ${ZLIB_LIBRARIES} "bamtools" "pthread" "boost_program_options" "boost_thread" "boost_system" "boost_filesystem")
endif(WIN32)

install(TARGETS express DESTINATION bin)
#######################################################################################

$ mkdir build
$ cd build 
$ cmake ..
$ make
$ mkdir -p /tool_path/express-1.1.0
$ cp express /tool_path/express-1.1.0/.


6.eXpressを使うことについて
eXpressは、Compileする時、通常使うgccではない、特別なgcc-4.4.7を使って、作成した物です。
そうすると、eXpressを実行する時、gcc-4.4.7のライブラリーを利用することに、なります。

システムdefaultで、 gcc-4.4.7に関する設定はしなかったので、毎回eXpressを起動する前、以下の設定を行う必要がある。

$ export LD_LIBRARY_PATH=/tool_path/gcc-4.4.7/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}
$ export LD_RUN_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}




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