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oasesのインストール

インストール手順は、いかのように、

※velvetは、既に/tool_path/velvet_1.2.03にインストールしました。


$ cd /work_path/
$ wget  http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/oases_0.2.06.tgz
$ tar xzvf oases_0.2.06.tgz
$ cd oases_0.2.06
$ vi Makefile

Makefileの内容は、以下のように修正と追加して、保存する。
MAXKMERLENGTH=151
CATEGORIES=20
OPENMP=1
VELVET_DIR=/tool_path/velvet_1.2.03
LONGSEQUENCES=1
BIGASSEMBLY=1
VBIGASSEMBLY=1

$ make
$ cd ..
$ mv oases_0.2.06 /tool_path/.


共通PATHに、以下の物を追加

/tool_path/oases_0.2.06

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