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pindelインストールログ

参照
https://trac.nbic.nl/pindel/(external link)


インストール手順:
1.Samtoolsの確認
  SamToolsはも既に「/work_path/samtools-0.1.18」にインストールしました。
  ないの場合、http://sourceforge.net/projects/samtools/files/ から、DLする。


2.インストール
$ cd /work_path/
$ wget https://trac.nbic.nl/pindel/downloads/65
$ mv 65 pindel024.tar.gz
$ tar xzvf pindel024t.tar.gz
$ cd pindel024t
$ ./INSTALL /work_path/samtools-0.1.18
$ mkdir -p /tool_path/pindel-0.2.4t
$ cp Adaptor.pm /tool_path/pindel-0.2.4t/.
$ cp pindel /tool_path/pindel-0.2.4t/.
$ cp pindel2vcf /tool_path/pindel-0.2.4t/.
$ cp sam2pindel /tool_path/pindel-0.2.4t/.


上のように、「/tool_path/pindel-0.2.4t」 にインストールしました。

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