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rubyとBioRubyのインストール(パイプライン用)ログ

インストール手順:

1.libyamlのインストール
$ cd /work_path/
$ wget  http://pyyaml.org/download/libyaml/yaml-0.1.4.tar.gz
$ tar xzvf yaml-0.1.4.tar.gz
$ cd yaml-0.1.4
$ ./configure --prefix=/tool_path/yaml-0.1.4
$ make && make install


2.rubyのインストール
$ cd /work_path/
$ wget  ftp://ftp.ruby-lang.org/pub/ruby/1.9/ruby-1.9.3-p194.tar.gz
$ tar xzvf ruby-1.9.3-p194.tar.gz
$ cd ruby-1.9.3-p194
$ ./configure --prefix=/tool_path/ruby-1.9.3-p194 --with-opt-dir=/tool_path/yaml-0.1.4 --enable-shared --disable-install-doc --enable-option-checking
$ make && make install

共通PATHに以下を通じ
/tool_path/ruby-1.9.3-p194/bin
/tool_path/ruby-1.9.3-p194/lib/ruby/gems

以下の環境変数を追加
RUBYLIB=/tool_path/ruby-1.9.3-p194/lib
RUBYLIB=/tool_path/ruby-1.9.3-p194/lib/ruby:${RUBYLIB}
RUBYLIB=/tool_path/ruby-1.9.3-p194/lib/ruby/site_ruby/1.9.1:${RUBYLIB}
export RUBYLIB
GEM_HOME=/tool_path/ruby-1.9.3-p194/lib/ruby/gems
export GEM_HOME

再LOGINして、続き


3. BioRubyのインストール
$ cd /work_path/
$ wget  http://bioruby.org/archive/bioruby-1.4.2.tar.gz
$ tar xzvf bioruby-1.4.2.tar.gz
$ cd bioruby-1.4.2
$ ruby setup.rb config --prefix=/tool_path/bioruby-1.4.2
$ ruby setup.rb


Last edited by hzhang .
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