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snpEffインストールログ

1.本家サイトのリンク先の以下を参照する。
http://snpeff.sourceforge.net/download.html

2.ツールのインストール
$ cd /work_path/
$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/snpeff/snpEff_latest_core.zip
$ unzip snpEff_latest_core.zip
$ mv snpEff_3_0 /tool_path/snpEff_3_0

3.configファイルの書き直す(データディレクトリの指定)。
    • configファイルは、「/tool_path/snpEff_3_0/snpEff.config」である。この中に、「data_dir」の行は、以下のように
data_dir = /tool_path/snpEff_3_0/data/

4.DBのDownload
    • 本家サイトに、既に作ったDBは、以下のページにリストする。
http://snpeff.sourceforge.net/download.html

    • JAVAより、DBをDownload方法(例:GRCh37.66をDLする時)
$ cd /tool_path/snpEff_3_0/
$ java -jar ./snpEff.jar download GRCh37.66
-----------------------------------------------------
00:00:00.000    Downloading database for 'GRCh37.66'
00:00:00.015    Connecting to http://downloads.sourceforge.net/project/snpeff/databases/v3_0/snpEff_v3_0_GRCh37.66.zip
java.lang.RuntimeException: java.net.ConnectException: Connection timed out
:
(略)

    • 上記エラーは、http_proxyを経由する環境であったことが判明。Proxyの設定を反映すると正常にダウンロード可能。
java -Dhttp.proxyHost=xxx.xxx.xxx.xxx -Dhttp.proxyPort=yyyy -jar ./snpEff.jar download GRCh37.66
xxx.xxx.xxx.xxxは、Proxyサーバのサーバ名、またはIPアドレス
yyyyは、Proxyのポート番号


    • それでもエラーになった場合の対応: 代わりに、wgetよりDL
$ cd /tool_path/snpEff_3_0/
$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/snpeff/databases/v3_0/snpEff_v3_0_GRCh37.66.zip
$ unzip snpEff_v3_0_GRCh37.66.zip

5.実行の注意点:
    • snpEff.jarの指定は、fullpathの必要がある。
$ java -jar /tool_path/snpEff_3_0/snpEff.jar ......

    • 別のディレクトリで、実行する時、configファイルの指定は必要がある(-c option より)
$ java -jar /tool_path/snpEff_3_0/snpEff.jar -c /tool_path/snpEff_3_0/snpEff.config ......



Last edited by nomonma , based on work by hzhang .
Page last modified on 火曜日 23 of June, 2015 12:18:55 JST.