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vcftoolsインストールログ

参照ページ http://vcftools.sourceforge.net/index.html(external link)


(1)tabixのインストール
tabixのインストール( http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml)

$ cd /work_path
$ wget  http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/tabix/tabix-0.2.5.tar.bz2
$ tar xjvf tabix-0.2.5.tar.bz2
$ make
$ cd ..
$ cp -r tabix-0.2.5 /tool_path/.


(2)vcftoolsのインストール
$ cd /work_path
$ wget  http://downloads.sourceforge.net/project/vcftools/vcftools_0.1.8a.tar.gz
$ tar xzvf vcftools_0.1.8a.tar.gz
$ cd vcftools_0.1.8a
$ make
$ PREFIX="/tool_path/vcftools_0.1.8a" make install

(3)パスの設定
以下の環境設定がご確認を必要:

(1) 共通PATH に 以下の二つを追加
/tool_path/vcftools_0.1.8a/bin
/tool_path/tabix-0.2.5

(2)PERL5LIBに、以下の二つを追加
/tool_path/vcftools_0.1.8a/perl
/tool_path/tabix-0.2.5/perl




Last edited by nomonma , based on work by hzhang .
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