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velvetインストールログ

参照 http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/(external link)


$ cd /work_path
$ wget  http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.03.tgz
$ tar xzvf velvet_1.2.03.tgz
$ mv velvet_1.2.03 /tool_path/.
$ cd /tool_path/velvet_1.2.03

$ vi Makefile
以下のように
MAXKMERLENGTH=151
CATEGORIES=20
OPENMP=1
BIGASSEMBLY=1
LONGSEQUENCES=1

$ make

パスの通じ
共通Pathに、/tool_path/velvet_1.2.03を追加

「LONGSEQUENCES=1」は、初期では32bit型の扱いでリード長が32767bpまでしか扱えない。
実際、Oasesを用いてTranscriptomeアセンブルを行ったところ、上記の制約にひっかかり実行出来ない問題が発生したので、64bitマシンで実行する場合は、「LONGSEQUENCES=1」は設定しておいたほうが良い。

Last edited by nomonma , based on work by hzhang .
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