ibd2インストールログ

参照
http://compbio.charite.de/contao/index.php/ibd2.html(external link)
http://compbio.charite.de/contao/index.php/ibd2.html?file=tl_files/NGS/IBD2-tutorial.pdf(external link)

インストール手順
1. RHmmのインストール
$ R
install.packages("RHmm", repos=" http://R-Forge.R-project.org")

2. rtracklayerのインストール
$ R
source(" http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rtracklayer")

3. java ツールのインストール
    • 参照ページから、VCF2IBS.javaをDLし,
$ cd /tool_path/
$ mkdir ibd2
$ cd ibd2
$ wget http://compbio.charite.de/contao/index.php/ibd2.html?file=tl_files/NGS/VCF2IBS.java

$ export JAVA_HOME=/usr/java/jdk
$ export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
$ export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/jre/lib:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/lib/tools.jar

$ java -version
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
java version "1.6.0_17"
OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.7.5) (rhel-1.16.b17.el5-x86_64)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)

$ javac VCF2IBS.java



The original document is available at http://trumpet.cip.lab.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=ibd2%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%83%AD%E3%82%B0