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日本語
P000001411

Sprai


Introduction


This pipeline is useful for the researcher who deal with reads from PacBio.

このパイプラインは、Spraiというアセンブラーを用いて、PacBioのシーケンスデータから新規にゲノム配列を作成します。


Input formatbas.h5 (from PacBio)
Execution timeAbout 1 day. (200k subreads)


Result
Image
corrected reads
Image
assembled contigs


Inputs


・ファイルはPacBioから出力される「.bam.h5」という拡張子のファイルを入力可能です。場合によっては、「.bax.h5」などのファイルも併せて登録する場合もあります。
・アップロードするファイル名にスペース「 」や、カッコ「(」、クオーテーション「'」などといった文字や日本語は使えません。(アップロードできても、解析時にエラーになります。) アルファベット+数字+アンダーバー「_」で名前を付けてください。

Outputs


実行例
Image
Sprai output
Image
corrected reads
Image
assembled contigs

出力としては、
1.Spraiによって、エラー補正される前のサブリード
2.補正後のサブリード
3.アセンブルされたコンティグ
4.アセンブルされたコンティグを、元のリード情報を用いてquiverで補正したコンティグ
が出力されます。

Options


Comments


・本パイプラインは、第三回現場の会 de novoの達人企画で用いられた解析フロー(external link)を元に作成しています。
・quiverによるコンティグ補正は、十分なリード量(x100程度)がない場合、エラーで動かない場合があります。

Use case



Public
Sprai(Original)(external link)