Platform for Drug Discovery


Cygwin環境構築


概要


インストール


1. インストーラのダウンロード


  • cygwin本家サイトに接続します。
  • インストーラ(インストール用プログラムファイル)を以下の箇所からダウンロードします。
    • Image
      • インストーラは、32ビット用か64ビット用かで異なります。
      • ご自身のPCがどちらかわからない場合は、システムのプロパティを開き以下の箇所を確認するなどします。
    • 例:Windows7の場合
  • ダウンロードされたインストーラの確認
    • Image
      • ダウンロードされたインストーラプログラムファイルの例。
      • このインストーラ用プログラムファイルは、使用時に足りないUNIX/Linuxコマンドの追加インストールに必要なので、管理しやすい場所に保管しておくことをお勧めします。

2. インストール


  • ダウンロードしたインストーラをクリックして起動します。
  • メッセージを確認して"次へ"。
  • インターネット接続できないなどの特別な理由がなければ、"Install from Internet"を選択して"次へ"。
  • インストール場所と、使用対象のユーザーを確認して"次へ"。
    • 他のユーザーと共用のPCで、自身しか使用しない場合は"Just Me"を選択します。
  • インストールされるファイル群の保管先を指定して"次へ"。
    • この時点でインターネット接続が行われ、必要なファイル群をインストールするための準備が始まります。
    • PCにインストールされたセキュリティソフトがこのプログラムからインターネット接続を許可するか確認される場合がありますので、許可します。
  • ネットワークへの接続方法を選択します。
    • 良くわからない場合は、1番の"Direct Connection"で接続を試し、だめだった場合に2番や3番を試すのが良いと思います。
    • 大学や企業内のPCなどでは、インターネットへの接続をプロキシ経由で行っている場合も多いです。
    • この場合、2番目を試してだめだった場合、3番目を試しますが、プロキシサーバの所在は、ネットワーク管理者などから聞き出すか、自身の組織のPCセットアップマニュアルなどを参照し、Internet Explorerの接続用設定に関する箇所などから、プロキシサーバの所在を調べます。
    • "プロキシ 調べる"などのキーワードでgoogleなどの検索エンジンで検索すれば関連記事が得られると思いますので、そこから解決策を探す手もあります。
  • 自動的にインターネット上のサーバからミラーサイトのリストの取得を行います。
  • インストールに必要なパッケージ群を取得する接続先のミラーサイトを選択します。
    • リストの中から日本国内にあることがわかっている".jp"で終わるサーバーを選択します。
    • インストールするPCの置かれている環境が、ネットワーク接続に制限がある場合はhttpで始まる接続先を指定した方が無難です。
  • 自動的にインターネット上のサーバからインストール対象のパッケージ(機能/コマンド)のリストを取得します。
  • インストール対象のパッケージ(あるいはコマンド)を選択します。
    • 基本的に、パッケージ名はUNIX/Linux環境でのコマンド名と一致します。このため、cygwin使用時に以下のような"コマンドが見つかりません"というようなメッセージが表示された場合、それに対応したパッケージ名を探して、後述する追加を行うことで、エラーを回避できるようになります。
      • Image
    • すべてインストールすると、長いインストール時間と、不要なディスクスペース、起動時に遅くなるなどの弊害がありますので、必要に応じてインストール対象のパッケージ(コマンド)を選択します。
    • 必要になった時点でいつでも追加インストールできるため、不用意に多くのパッケージをインストールする必要はありません。
  • 例として、このサイトで使用する機会の多い"wget"コマンドを追加しています。
    • "Search"と書かれた入力欄に"wget"と入力すると、"wget"の文字を含むパッケージだけが選択されます。
    • この場合は、"Web"カテゴリーに属する"wget"パッケージを選択します。
    • wgetの行をクリックするとステータスが、"Skip"から、バージョン番号の数値に変わります。(この例では"1.15-1")
    • 何回かクリックすると、別の数値(古いバージョン)を経た後、再び"Skip"に戻ります。
    • 特に理由が無ければ新しいバージョン(数値が大きいもの)を選びます。
  • 依存するパッケージがリストされるので、"次へ"。
  • インストールが開始します。
    • 真ん中のバーが全体の進捗なので、これを目安にインストール時間を想定します。
    • "Downloading.."のTotalが100%になった後、"Installing.."の進捗が開始するので、実行時間はそれも見越しておいた方が良いです。
    • インストール対象が多いと数時間に及ぶ場合もありますが、デフォルトならネットワークが速ければ数分で完了します。
  • 完了の確認とショートカットの作成の確認です。
    • デスクトップへの起動用アイコンの追加と、Windowsのスタートメニューへの追加を行う場合は、チェックしたまま"完了"を押します。

パッケージの追加や削除


コマンド追加の必要性について


  • Cygwinを使用していると、以下のようにコマンドが見つからないとエラーメッセージが表示される場合があります。
    • Image
  • Cygwinでは、一般的なUNIX/Linux環境で入っている場合の多いコマンドの多くもデフォルトではインストールされない場合が多いので、あきらめずパッケージの追加でそれらコマンドを使用できるようにします。

共通操作


  • インストール時にダウンロードしたインストーラをクリックして起動します。
    • Image
    • インストール時のインストーラを無くしてしまった場合でも、再度インストーラをダウンロードして起動すれば基本的には問題なく同じ操作ができます。
  • 以降の操作について

更新/削除


  • 追加/更新/削除時の画面インストール時の画面
  • "Select Packages"の画面で新たに"Current"列が増え、現在インストール済みのバージョンが表示されています。
  • インストール済みのパッケージの初期状態は"New"列は"Keep"になっています。
    • クリックすると、再インストール"Reinstall"や、
    • 更新=別のバージョンの選択、
    • 削除"Uninstall"などの選択肢が表示され、最後に"Keep"に戻ります。
  • 更新、削除する場合は、それぞれ、別バージョンを選択したり、"Uninstall"を選択して、"次へ"を押します。

    • 追加


    • 例としてエディター(テキスト編集プログラム)のemacsを追加しています。
        • 画面は"ema"で切れていますが、右スクロールすると、コマンド名と説明文章が確認できます。
        • 初期状態は未インストールを意味する"Current"が空白、"New"が"Skip"です。
        • クリックして、最新バージョンをインストールすることにします。
        • "次へ"を押すと、依存パッケージの確認画面が表示されるので、更に"次へ"を押します。
        • 追加パッケージと、それに依存するパッケージのみインストールが始まります。
    • 以上で、パッケージの追加作業は終了です。

    参考



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