Platform for Drug Discovery


データセット型: fastq (paired-end)


説明

  • 配列ファイル (fastq形式,paired-end) FASTQ Format Specification
  • 1データにペアとなる2つの配列ファイルのみ登録して下さい。(それ以上登録した場合、パイプラインを実行するとエラーが発生するか、正常に解析できても登録した複数ファイルの内、1ペア2ファイルのみの解析になる場合があります)

ファイルの例


    FASTQ-formatted DNA sequence file (paired-end)
    Image Image

ファイル名に利用可能な接尾文字(拡張子)

    '.fastq'、'.fq'または'.txt'

利用可能なファイル名の例

  • Type 1
    #file name templateexamplefile type
    1(接頭文字)_1(接尾文字)SRR039649_1.fastqペアの1番目の配列用のファイル。
    2(接頭文字)_2(接尾文字)SRR039649_2.fastqペアの2番目の配列用のファイル。
    3(接頭文字)(接尾文字)SRR039649.fastqオーファンを含む余分な配列。このファイルは必須でなく、ほとんどのツールがこれを無視します。
  • Type 2
    #file name templateexamplefile type
    1(接頭文字)_(1桁の数値)_1_sequence(接尾文字)s_3_1_sequence.txtペアの1番目の配列用のファイル。
    2(接頭文字)_(1桁の数値)_2_sequence(接尾文字)s_3_2_sequence.txtペアの1番目のバーコード用のファイル。
    3(接頭文字)_(1桁の数値)_3_sequence(接尾文字)s_3_3_sequence.txtペアの2番目の配列用のファイル。
    4(接頭文字)_(1桁の数値)_4_sequence(接尾文字)s_3_4_sequence.txtペアの2番目のバーコード用のファイル。このファイルは必須ではありません。
  • Type 3
    #file name templateexamplefile type
    1(接頭文字)_(1桁の数値)_1_sequence(接尾文字)s_3_1_sequence.txtペアの1番目の配列用のファイル。
    2(接頭文字)_(1桁の数値)_2_sequence(接尾文字)s_3_2_sequence.txtペアの2番目の配列用のファイル。
  • Type 4
    #file name templateexamplefile type
    1(接頭文字)_R1(接尾文字)SAMPLE1_ATCACG_L002_R1.fastqペアの1番目の配列用のファイル。
    2(接頭文字)_R2(接尾文字)SAMPLE1_ATCACG_L002_R2.fastqペアの2番目の配列用のファイル。
  • Type 5
    #file name templateexamplefile type
    1(接頭文字)_R1_(3桁の数値)(接尾文字)s_G1_L001_R1_002.fastqペアの1番目の配列用のファイル。
    2(接頭文字)_R2_(3桁の数値)(接尾文字)s_G1_L001_R2_002.fastqペアの2番目の配列用のファイル。
    • (接頭文字): A~Z、a~zまでの英字、数字、および特殊文字("."、"_"または"-")が利用可能です。
    • (接尾文字):".fastq"、".fq"または".txt"が利用可能です。

利用可能なペアの配列ID

  • Type 1
    • ペアで配列IDが同一
    • File 1 ID exampleCorrelated file 2 ID example
      ERR003169.1 IL37_2099:6:1:1:405
      ERR003169.2 IL37_2099:6:1:1:1526
      ERR003169.3 IL37_2099:6:1:1:1553
      ERR003169.4 IL37_2099:6:1:1:1187
      ERR003169.5 IL37_2099:6:1:1:1382
      ERR003169.1 IL37_2099:6:1:1:405
      ERR003169.2 IL37_2099:6:1:1:1526
      ERR003169.3 IL37_2099:6:1:1:1553
      ERR003169.4 IL37_2099:6:1:1:1187
      ERR003169.5 IL37_2099:6:1:1:1382
    • 全てのリードアーカイブ(SRA/DRA/ERA)データはこのタイプの配列IDのペアを持ちます。
  • Type 2
    • IDの末尾がペアの1番目は"/1"、ペアの2番目は"/2"
    • File 1 ID exampleCorrelated file 2 ID example
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:2409:953#0/1
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:3289:953#0/1
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:4441:953#0/1
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:4664:951#0/1
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:4773:951#0/1
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:2409:953#0/2
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:3289:953#0/2
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:4441:953#0/2
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:4664:951#0/2
      ABC-DEF123_0011_FC:5:1:4773:951#0/2
    • Illuminaのデータはこのタイプの配列IDを持ちます。