UCSCからの既知遺伝子アノテーション情報の取得とMaserへのアップロード方法

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UCSCからの既知遺伝子アノテーション情報の取得とMaserへのアップロード方法

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UCSCからの遺伝子アノテーションデータの取得

Maserへのデータアップロード

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• UCSCゴールデンパスのダウンロードサイトから、特定のゲノムバージョンに対する遺伝子アノテーション情報を取得できます。
• このページでは既知遺伝子アノテーションデータをrefFlatバージョンのgenePredフォーマットで取得し、Maser上へアップロードする方法を説明します。

UCSCからの遺伝子アノテーションデータの取得

1. UCSC Genome Bioinformaticsのページにアクセスします。
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   • 左のメニューから"Downloads"と書かれたリンクを開きます。
2. リストから興味のある生物種を見つけます。
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3. "Annotation database"と書かれたリンクを押します。
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   • この例ではヒト(hg19,GRCh37)を選択します。
   • 下からは古いバージョンのhg18も選択することができます。
4. ゴールデンパスのダウンロードサイト上でブラウザの検索機能を用い"refFlat"を検索します。
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5. リストから、"refFlat.txt.gz"をダウンロードします。
   • この際、右にあるデータ更新日をメモしておくことをお勧めします。このアノテーションデータは週に数回アップデートされるため、アップデート日がアノテーションのバージョンとして認識されるためです。
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   • ファイル名を変更し、更新日とゲノムのバージョンが分かるようにしておくことをお勧めします。
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Maserへのデータアップロード

• Maserにデータをアップロードするために、詳細はこちらのページをご覧ください。

1. アップロード対象のプロジェクト画面を開き、"Upload My Data"ボタンを押します。
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   • 今回のような小さいデータのアップロード時はHTTPプロトコルを選択する方が簡単です。
2. データタイプを選択し、アップロードするデータのプロパティを記入します。
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   • Data Label:データラベルにはデータ識別のための任意の名前を記入して下さい。
   • Data Type:データタイプにはgenePred(refFlat)を選択します。
   • Data File:ご自身のコンピュータ上からダウンロードしたデータを選択します。
3. アップロードボタンを押します。
   • アップロードボタンを押した後、ファイルアップロードと解凍処理が進みます。
   • 数秒後アップロードが終了します。
   • "Open Project Detail window"ボタンを押します。
4. プロジェクト詳細画面(Project Detail)の下の方に、アップロードされたデータのアイコンが確認できます。
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   • これでアップロードは終了です。