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[日本語]  

Samtools mpipleup


Introduction


    Call genomic variants with samtools mpileup.


    このパイプラインは、samtools mpileupによってマッピングされたBAMファイルから、SNV, INDELのリスト(VCF)を作成します。


    Input formatBAM(ソート済み)
    SpeciesHuman, Mouse, etc.
    Execution timeAbout 6 hours. (7M paired-end reads[150bp+150bp])

    Result
    Image
    contig information
    Image
    Scafold sequences


    Pipeline history
    Image

Inputs


    ・ファイルはBAMファイルを入力可能です。
    ・BAMについては、 このページ をご覧ください。
    ・アップロードするファイル名にスペース「 」や、カッコ「(」、クオーテーション「'」などといった文字や日本語は使えません。(アップロードできても、解析時にエラーになります。) アルファベット+数字+アンダーバー「_」で名前を付けてください。

Outputs


    Samtools mpileup output
    Image
    contig information
    Image
    Scafold sequences

Options


Comments



      reffasta=`ls -LS input_2/*|head -n 1`;
      
      genomeid=hs37d5;
      
      if [ "$reffasta" = "" ] ; then
      
       reffasta=${genomeid}.fa;
      
       ln -s genomes/${genomeid}.fa .;
      
       ln -s genomes/${genomeid}.fa.fai .;
      
       ln -s genomes/${genomeid}.dict .;
      
      fi;
      
      samtools mpileup -C50 -uf $reffasta -b input_1/bam.list | bcftools view   -vcg - > output_1/mpileup.vcf;
      


Use_case


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