Maser
What is Maser
Maser(Management and Analysis System for Enormous Reads)は、特にいわゆる次世代シーケンサー(NGS)から出たデータを解析するための、WEBベースの解析環境です。
多くのパイプラインはRNA-Seqやリシーケンス解析、ChIP-Seq、Bisulfite-Seq、ゲノムアセンブリ、メタゲノム解析、CAGE解析等に用いられる有名なアカデミックツールを実装しています。詳細はこちらをご覧ください。
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NGS applications
Citation
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If you used Maser in your work, please cite:
Sonoko Kinjo, Norikazu Monma, Sadahiko Misu, Norikazu Kitamura, Junichi Imoto, Kazutoshi Yoshitake, Kazuho Ikeo. 2017.
Maser: A cloud-based platform to manage, analyze, and visualize NGS data for basic researches in life science.
Database(2018) Vol.2018:article ID bay027; DOI:10.1093/database/bay027
http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/
- データアップロード方法について
- プロジェクトの新規作成
- プロジェクトへのデータアップロード<HTTPS経由で小規模データを扱う場合>
- プロジェクトへのデータアップロード<SFTP経由で小規模データを扱う場合>
- UCSCからの既知遺伝子アノテーション情報
- UCSCからの既知リピート領域情報
- UCSCからの既知CpGアイランド領域データ
- 各種既知遺伝子アノテーション用GTFファイル
- SRAデータの取込みについて
- 解析の実行と実行状況の確認
- パイプラインの実行ステータスの確認
- トラブルシューティングとデバッグについて
- パイプラインのキャンセルとパイプラインの削除
- 解析条件の確認と実行ログの確認について
- プロジェクトの部分的コピーとプロジェクト間のデータ共有について
- Maserのセキュリティについて
- Maserのコンセプト
- Genome Explorerの基本操作
- Genome Explorerで特定データの特定箇所を直接開く
- 対応生物種とゲノム
- WinSCPのインストール方法と使い方
