Cell Innovation
History

Pipeline Detail

解析パイプラインの入出力データセットと解析モジュールの一覧です。
データセットのアイコンをクリックするとデータのダウンロードや解析レポートの表示、Genome Explorerの起動などが行えます。
解析モジュールをクリックすると解析内容の詳細を閲覧できます。
Request ID: DP00038306 Status: End
Pipeline ID: P000000758 Request Date: 2012/12/02 16:01
Pipeline Name: BWA GATK(1.4) Annovar SNP detection (paired-end) hg19 Start Date: 2012/12/02 16:02
Pipeline Summary: mapping :BWA for paired-end, SNP detection:GATKSNP annoatation:Annovar gene-based, filter-based(SIFT,LRT,MT,PPT,PhyloP) End Date: 2012/12/03 14:46
Input Dataset:
NA19240(DS00125647)
Output Dataset:
(DS00126469)

(DS00126443)
annovarFilterbasedDropped
(DS00126421)
html
(DS00126443)
vcf
(DS00126410)
annovarInput
(DS00126412)
bam
(DS00126287)

vcf2annovar

AnnovarAnnotati...

BWA mapping mod...

GATK 1.4.15 hg1...

makeMappingRepo...

AnnovarAnnotati...

makeSNPAnnotati...
fastq (paired-end)
NA19240 (DS00125647)
vcf
(DS00126409)
log
(DS00126413)
annovarInput
(DS00126414)
annovarFilterbasedDropped
(DS00126425)
html
(DS00126469)
log
(DS00126415)