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Pipeline Detail

解析パイプラインの入出力データセットと解析モジュールの一覧です。
データセットのアイコンをクリックするとデータのダウンロードや解析レポートの表示、Genome Explorerの起動などが行えます。
解析モジュールをクリックすると解析内容の詳細を閲覧できます。
Request ID: DP00038495 Status: End
Pipeline ID: P000001036 Request Date: 2012/12/05 19:54
Pipeline Name: BWA-DEGseq:getGeneExp-DEGseq:FET (PE) Start Date: 2012/12/05 19:55
Pipeline Summary: Detect DEG (Differentially Exppressed Genes) with DEGseq from two RNA-Seq fastq file which are mapped with BWA and the comparison result output as a HTML report and a CSV file. End Date: 2012/12/06 06:54
Input Dataset:
UCSC.hg19.2011.10.1(DS00126000)

SRR309266(DS00125942)

SRR192335(DS00125941)
Output Dataset:
SRR192335-SRR309266.list(DS00127335)

SRR192335-SRR309266.compReport(DS00127328)
bam
SRR309266 (DS00127136)
DEGseq exp
SRR309266.... (DS00127322)

SRR309266.... (DS00127278)
html
SRR192335-... (DS00127335)
genePred(refFlat)
UCSC.hg19.... (DS00126000)
DEGseq exp
SRR192335.... (DS00127299)

SRR192335.... (DS00127232)
bam
SRR192335 (DS00127061)

DEGseq HTML rep...

BWA mapping mod...

BWA mapping mod...

loadBAM2ge_db (...
DEGseq output
SRR192335-... (DS00127327)

DEGseq DEGexp

DEGseq getGeneE...
fastq (paired-end)
SRR192335 (DS00125941)

DEGseq getGeneE...
fastq (paired-end)
SRR309266 (DS00125942)
html
SRR192335-... (DS00127328)

loadBAM2ge_db (...