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Pipeline Detail

解析パイプラインの入出力データセットと解析モジュールの一覧です。
データセットのアイコンをクリックするとデータのダウンロードや解析レポートの表示、Genome Explorerの起動などが行えます。
解析モジュールをクリックすると解析内容の詳細を閲覧できます。
Request ID: DP00044068 Status: End
Pipeline ID: P000000757 Request Date: 2013/02/13 02:44
Pipeline Name: BWA-GATK-Annovar (SE) Start Date: 2013/02/13 02:45
Pipeline Summary: mapping :BWA against hg19, SNP detection:GATK, SNP annoatation:Annovar gene-based, filter-based(SIFT,LRT,MT,PPT,PhyloP) [input:fastq, output:HTML report] End Date: 2013/02/14 01:03
Input Dataset:
SRR017931(DS00146383)
Output Dataset:
QC.SRR017931(DS00147032)

REPORT.SRR017931(DS00146978)

makeMappingRepo...
fastq (single-end)
SRR017931 (DS00146383)
html
QC.SRR0179... (DS00147032)

BWA mapping mod...

GATK 1.4.15 hg1...

vcf2annovar

AnnovarAnnotati...

AnnovarAnnotati...

makeSNPAnnotati...
bam
SRR017931 (DS00146555)
log
(DS00146753)
annovarInput
(DS00146752)
annovarFilterbasedDropped
(DS00146840)
annovarFilterbasedDropped
(DS00146920)
log
(DS00146755)
annovarInput
(DS00146754)
vcf
INDEL.SRR0... (DS00146715)
vcf
MUT.SRR017... (DS00146714)
html
REPORT.SRR... (DS00146978)