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BWA color space mappingフロー

1. 説明

    • CSFASTQ形式の配列ファイルをBWAを用いてゲノムにマッピングし、マッピング結果ファイルのSAM形式ファイルを取得します。

2. フロー図

Image

3. 詳細

3.1. サブフロー

3.2. コマンド

      • BWA用変換
      • BWA aln マッピング
        • tool=/commonDir/tool/bwa-0.5.7/bwa
          $tool aln -c -t 1 $index $query > $midfile 2> $midlogfile
      • BWA samse 結果成形
        • tool=/commonDir/tool/bwa-0.5.7/bwa
          $tool samse $index $midfile $query 2> $logfile > $outfile
      • 使用するプログラム
      • 変数
        • 変数名図中の表記説明
          index-インデックス作成済みのゲノムは配列のパスを指定します。
          query配列(CSFASTQ)入力に使用するcolor space情報を格納したCSFASTQファイルのパスを指定します。
          queryBwaBWA形式配列(疑似FASTQ)中間ファイルとして使用される疑似FASTQファイルのパスを指定します。
          midfileアライメントファイル(バイナリ".aln")中間ファイルとして生成されるアライメントファイルのパスを指定します。
          midlogfile-bwa alnコマンドのログを出力するパスを指定します。
          outfileマップ結果(SAM)出力されるマッピング結果のSAM形式ファイルのパスを指定します。
          logfile-bwa samseコマンドのログを出力するパスを指定します。

3.3. データフォーマット


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