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Bowtie color space mappingフロー

1. 説明

    • CSFASTQ形式の配列ファイルをBowtieを用いてゲノムにマッピングし、マッピング結果ファイルのSAM形式ファイルを取得します。

2. フロー図

Image

3. 詳細

3.1. サブフロー


3.2. コマンド

      • Bowtie マッピング
        • tool=/commonDir/tool/bowtie-0.12.3/bowtie
          $tool -p 1 -S -C $index $query 2> $logfile > $outfile
      • 使用するプログラム
      • 変数
        • 変数名図中の表記説明
          index-インデックス作成済みのゲノムは配列のパスを指定します。
          query配列(CSFASTQ)入力に使用するcolor space情報を格納したCSFASTQファイルのパスを指定します。
          outfileマップ結果(SAM)出力されるマッピング結果のSAM形式ファイルのパスを指定します。
          logfile-bowtieコマンドのログを出力するパスを指定します。

3.3. データフォーマット


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