DNAマイクロアレイと次世代シーケンサーの比較

1. 注意

• ※本ページに掲載された図表は各紙から使用許諾を得ております。これらに関しての権利は各紙か著者に帰属しますので、二次利用の際は別途許諾を得て下さい。

2. タイリングマイクロアレイと次世代シーケンサーの比較表

• Quote:
  
  • Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Wang et. al., 2009), copyright (2009)

3. ダイナミックレンジの比較

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• Scienceの図表は転載の使用許諾時に課金されるため、直接論文を参照ください。
• (Nagalakshmi et. al., 2008)
• ダイナミックレンジはRNA-Seqの方が高いため、発現量の大きいものから、小さいものまで検出できるという認識。

4. 発現量（強度）そのものの相関

• Quote:
  
  Comparison of Affymetrix intensity values with final RPKMs, which includes multireads.Genes with 30% contribution of multireads to their final RPKM are marked in red.
• Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Methods (Mortazavi et. al., 2008), copyright (2009)

5. 発現量比の相関

• Quote:
  
  The methods are correlated (R = 0.75356, 95% CI: 0.7236–0.785). Colors indicate significantly differentially expressed genes at a FDR
  ***[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19435513|(Bloom. et. al., 2009)] **2サンプル発現量比を、アレイとRNA-Seqで相関を見ている。 !#発現強度(Low, Medium, High)ごとの相関 ** **
  Quote:
  ~np~
  Figure 2 | Quantifying expression levels: RnA-seq and microarray compared. expression levels are shown, as measured by RNA-Seq and tiling arrays, for Saccharomyces cerevisiae cells grown in nutrientrich media. The two methods agree fairly well for genes with medium levels of expression (middle), but correlation is very low for
  genes with either low or high expression levels. The tiling array data used in this figure is taken from ReF. 2, and the RNA-Seq data is taken from ReF. 18.
• Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Wang et. al., 2009), copyright (2009)
• Quote:
  低発現や高発現では相関が低い
  （概して、シーケンサーの方が検出力が高いからこうなる、と解する）
  (農業生物資源研究所　ゲノム情報研究ユニット (伊藤 剛 先生) の発表資料からの引用コメントを許可を得て転載)

6. ChIP-chipとChIP-Seqの比較表

• Quote:
  
• Reprinted by permission from Macmillan Publishers Ltd: Nature Reviews Genetics (Park PJ, 2009), copyright (2009)
• コメント:ChIP-chipに比べ、ChIP-Seqの方が、解像度が高く、ゲノムカバー率も高く、必要サンプル量が少なく、PCR増幅回数が少ないためバイアスが少ないことが期待される。
• 上記Reviewの情報は京都大学iPS細胞研究所中村正裕先生から情報いただき、Macmillan Publishers Ltd.の許可を得て掲載しております。

転載元・引用

• Nat Rev Genet. 2009 Jan;10(1):57-63. "RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics." Wang Z, Gerstein M, Snyder M.
• Science. 2008 Jun 6;320(5881):1344-9. Epub 2008 May 1. "The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing." Nagalakshmi U, Wang Z, Waern K, Shou C, Raha D, Gerstein M, Snyder M.
• Nat Methods. 2008 Jul;5(7):621-8. Epub 2008 May 30. "Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq." Mortazavi A, Williams BA, McCue K, Schaeffer L, Wold B.
• BMC Genomics. 2009 May 12;10:221. "Measuring differential gene expression by short read sequencing: quantitative comparison to 2-channel gene expression microarrays." Bloom JS, Khan Z, Kruglyak L, Singh M, Caudy AA.
• Nat Rev Genet. 2009 Oct;10(10):669-80. Epub 2009 Sep 8. "ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology." Park PJ.

参考

• (Rで)塩基配列解析（主に次世代シーケンサーのデータ） by 門田幸二先生(NGSとqPCRやmicroarrayなどとの比較)
  • 関係する文献のサーベイの結果を日々アップデートされておられるようです。非常に参考になります。