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SAM2BAM変換フロー

1. 説明

    • マッピング結果ファイルのSAM形式を圧縮しBAM形式に変換します。

2. フロー図

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3. 詳細

3.1. サブフロー

3.2. コマンド

      • SAM2BAM変換
        • tool=/commonDir/ tool/samtools-0.1.7a/samtools
          $tool view -bS $inputSam > $outputBam
      • 使用するプログラム
      • 変数
        • 変数名図中の表記説明
          inputSamマップ結果(SAM)入力に使用するSAMファイルのパスを指定します。
          outputBamマップ結果(BAM)出力に使用するBAMファイルのパスを指定します。

3.3. データフォーマット


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