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SAM2BED変換フロー

1. 説明

    • マッピング結果ファイルをSAM形式からBED形式に変換します。

2. フロー図

Image

3. 詳細

3.1. サブフロー

3.2. コマンド

      • SAM2BED変換
        • tool1=/commonDir/tool/samtools-0.1.7a/samtools
          tool2=/commonDir/tool/BEDTools-Version-2.10.1/bin/bamToBed
          $tool1 view -bS $inputSam | $tool2 > $outputBed
      • 使用するプログラム
      • 変数
        • 変数名図中の表記説明
          inputSamマップ結果(SAM)入力に使用するSAMファイルのパスを指定します。
          outputBedマップ結果(BED)出力に使用するBEDファイルのパスを指定します。

3.3. データフォーマット


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