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coronaLite color space mappingフロー

1. 説明

    • CSFASTQ形式の配列ファイルをcoronaLiteを用いてゲノムにマッピングし、マッピング結果ファイルのSAM形式ファイルを取得します。

2. フロー図

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3. 詳細

3.1. サブフロー

3.2. コマンド

      • fastq2fasta 変換
        • /commonDir/bin/fastq2fasta.pl < $query > $queryFasta
      • mapreads マッピング
        • tool=/commonDir/tool/Corona_Lite_4.2.2/bin/mapreads
          tagLen=`awk 'NR==2{print length($0)-1}' $query`
          for refFastaPath in `cut -f 3 $cname`;
            do
            postfix=`basename $refFastaPath`
            $tool $queryFasta $refFastaPath M=2 S=0 u=2 L=$tagLen T=/commonDir/tool/Corona_Lite_4.2.2/etc/schemas/schema_50_3 A=0 O=0 Z=1000 R=0 I=0 r=1 > ${outfile}_$postfix
          done
      • ? (検討中)
      • 使用するプログラム
      • 変数
        • 変数名図中の表記説明
          query配列(CSFASTQ)入力に使用するcolor space情報を格納したCSFASTQファイルのパスを指定します。
          queryFasta配列(CSFASTA)入力に使用するcolor space情報を格納したCSFASTAファイルのパスを指定します。
          tagLen-配列ファイルの2行目の文字列の長さから1を引いた数値です。
          cname-CNAMEファイルとして定義される染色体ごとのFASTAファイルのファイルパスを格納したファイル。
          refFastaPath-染色体ごとのFASTAファイルのパスが順次格納される変数です。
          postfix-染色体ごとのFASTAファイルのファイル名のみが抽出された文字列。
          outfileマップ結果(独自)出力されるマッピング結果のSAM形式ファイルのパスの接頭辞として使用します。これにpostfixを付け加えたファイル名が出力ファイルになります。

3.3. データフォーマット


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