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long non coding RNA解析フロー


メモ

1. ヒトlong-non-codingデータベースの情報を取得します

    • NONCODE(external link)のサイトのdownloadページ(external link)からLncRNAの"Homo sapiens (sequence and mapping)"のファイル"lncRNA_human.zip"をダウンロードして解凍。
    • $ wget http://www.noncode.org/NONCODERv3/datadownload/lncRNA_human.zip
      $ unzip lncRNA_human.zip
      Archive:  lncRNA_human.zip
        inflating: human/human.bed
        inflating: human/human.fa
    • 今回は

参考

    • NONCODE(external link)
      • nonCodingRNAデータベース。
      • 殆ど全ての古典的ncRNAを含む。
      • 80%以上を実験によって確かめ、リファレンスとの照合を確認している。

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