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rRNA,tRNA除去forBAMフロー

1. 説明

2. フロー図

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3. 詳細

3.1. サブフロー

3.2. コマンド

      • SAM2BAM変換
        • tool=/commonDir/tool/BEDTools-Version-2.10.1/bin/intersectBed
          $tool -abam $inputBam -b $rRNAtRNAinf.bed -v > $outputBam
      • 変数
        • 変数名図中の表記説明
          rRNAtRNAinf.bedrRNA,tRNA座標情報(BED)BEDフォーマットのrRNA,tRNAの座標情報です。取得方法はこちらrRNA,tRNAの座標情報をBEDフォーマットでUCSC Table Browserから取得する
          inputBamマップ結果(BAM)入力に使用するBAMファイルのパスを指定します。
          outputBamマップ結果(BAM)出力に使用するBAMファイルのパスを指定します。

3.3. データフォーマット

参考・引用


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Page last modified on 月曜日 17 of January, 2011 19:46:03 JST.