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solidマッピングマップ率比較フロー

1. 説明

    • 複数のCSFASTQ用マッピングプログラムのマップ率を比較します。

2. フロー図

Image

3. 詳細

3.1. サブフロー

3.2. コマンド

      • 以下、それぞれのマッピングツールごとのマップ率算出コマンド
      • bwa
        grep -v "^@" $outputfile | awk '$2!=4{print $0}' | wc -l
      • bowtie
        grep -v "^@" $outputfile | awk '$2!=4{print $0}' | wc -l
      • coronaLite(mapreads)
        sed -n "s/^>\([^,]*\),.*$/\1/p" ${outputfile}_chr*.fa | sort | uniq | wc -l
      • 使用するコマンド
      • 変数
        • 変数名図中の表記説明
          outputfileマップ結果(SAM)それぞれのマッピングツールの結果のSAMファイルのパスを指定します。※coronaLiteはSAMでなく、マップ結果(独自)に対応しています。

3.3. データフォーマット


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